Od januarja 1942 je imel tretji rajh v Ljubljani na kvesturi častnika za zvezo, ki je v začetku skrbel za sodelovanje z italijanskimi oblastmi za preselitev Nemcev iz Ljubljanske pokrajine. Po padcu fašizma v Italiji, julija 1943, so Nemci želeli hitro vojaško obvladati prostor Slovenije in severnega Jadrana. Kot izgovor za vstop v Ljubljansko pokrajino so izrabili napad Tomšičeve brigade na nemški transportni vlak med Preserjem in Borovnico 23. avgusta 1943. Tri dni kasneje so prekoračili mejo pri Šentvidu in Črnučah. Italijanski poveljniki so proti temu neuspešno protestirali.

Ob kapitulaciji Italije, 8. septembra 1943, je bilo v Ljubljani malo nemških vojakov. S 1600 vojaki so uspeli zasesti italijanske postojanke, vojašnice in bunkerje ob žici okoli mesta ter stražiti Italijane, ki so se predali. General Rösener, nemški svetovalec predsednika pokrajinske uprave, Leona Rupnika, je konec septembra 1943 v Ljubljani ustanovil Operativni štab za uničevanje tolp. Ta je postal osrednje orodje za spopadanje s partizanskimi enotami. V bojih s partizani so v glavnem sodelovali nemški policijski polki in bataljoni. Številčno najmočnejša enota so bili slovenski domobranci. Spremembe vojaškega položaja jeseni 1944 so operativnemu štabu dodelile nove naloge. Graditi so morali utrjene obrambne linije, ki bi ozemlje zaščitile pred morebitnim izkrcanjem zaveznikov v Istri in prodiranjem Rdeče armade. Ena od obrambnih linij naj bi tekla od Tolmina na vzhod, severno od Ljubljane po Savi do področja severozahodno od Krškega. Od tam bi šla ob Sotli, Dravi in Muri do avstrijske meje. Začela se je gradnja jarkov in utrdb, ki je trajala skoraj do konca vojne. Ob koncu vojne so se v Ljubljani zbirale le enote iz Ljubljanske pokrajine. Zadnji obrambni položaji nemških in domobranskih sil so bili na črti Sostro–Zadvor–Orle–Lavrica–Babna Gorica–Črna vas–Bevke–Log–Horjul–Vrzdenec. Na severu zapore ni bilo, zato so se omenjene enote po dveh dneh ostrih bojev v tej smeri tudi umaknile proti Gorenjski.