Poveljnik 14. pehotne divizije Isonzo, Federico Romero, je 12. aprila 1941 razglasil italijanski prevzem vojaške in civilne oblasti v Ljubljani. Sledil je prevzem nadzora nad civilno policijo in orožništvom. Vrhovno oblast v pokrajini je 18. aprila od bana Marka Natlačena prešla v roke visokega komisarja Emilia Graziolija, 3. maja 1941 pa je bila Ljubljanska pokrajina priključena k Italiji. Slovenski prebivalci niso dobili italijanskega državljanstva, temveč so bili državljani po aneksiji.
Italijani so v skladu navideznega ohranjanja samouprave ohranili upravno strukturo Ljubljane – Grazioli je npr. k sodelovanju povabil ljubljanski mestni svet – hkrati pa so pomembnejša uradniška mesta prevzeli sami. Na tak način je bilo rešeno tudi vprašanje župana, saj je naredba iz januarja 1942 visokemu komisarju omogočala imenovanje in odstavljanje (pod)županov, katerih odločbe so izvrševali občinski tajniki. Grazioli je za ljubljanskega župana imenoval Leona Rupnika, njegov generali tajnik je postal Franc Jančigaj, podžupan pa Italijan Salvatore Trachida.
Kapitulacija Italije in prihod Nemcev sta pomenila večjo upravno spremembo za Ljubljansko pokrajino, ki je postala pokrajina nemške Operativne cone za Jadransko primorje s sedežem v Trstu, ki jo je vodil koroški gaulaitner Friedrich Rainer, ter hkrati tudi italijanske Salojske republike. Mussolini je za njenega visokega komisarja znova imenoval Emilia Graziolija, s katerim pa Rupnikov krog ni hotel sodelovati. Nemci so se konfliktu želeli izogniti in so Grazioliju preprečili prevzem oblasti. Sprva sicer niso imeli izbrane osebe za vodenje avtonomne uprave v Ljubljani, na podlagi predloga škofa Gregorija Rožmana pa je Rainer 20. septembra 1943 za načelnika pokrajinske uprave izbral tedanjega ljubljanskega župana, generala Leona Rupnika. Slednji je postal edini slovenski prefekt v operativni coni – vsi ostali so bili namreč Italijani. Prefekti so imeli ob sebi še nemškega svetovalca. V Ljubljani je bil to najprej Herman Doujak, a se je moral že oktobra 1943 umakniti generalu SS Erwinu Rösenerju, ki je postal tudi policijski poverjenik za Ljubljansko pokrajino.
V času nemške okupacije nov ljubljanski župan ni bil imenovan, tako je do osvoboditve njegove posle v skladu z naredbo opravljal generalni tajnik Jančigaj. Ob osvoboditvi 9. maja 1945 je upravno vodstvo prevzel začasni mestni terenski odbor, deset dni kasneje pa je bil izvoljen Mestni odbor OF – njegov predsednik je postal Pavel Lunaček.
