Prekmurje so najprej zasedli Nemci in ga nato 16. aprila 1941 na svečanosti v Murski Soboti predali Madžarom. Pod madžarsko okupacijo se je znašlo okoli 90.000 prebivalcev, med njimi je bilo okoli 15.000 Madžarov. Pridobljeno ozemlje so Madžari šteli za del izgubljenih južnih pokrajin (Délvidék). Občutki prebivalstva so bili mešani, madžarska manjšina in del promadžarsko usmerjenega prebivalstva sta bila za Madžarsko, manjši del pa je bil navdušen nad Nemčijo. Pod Nemčijo so prišli kraji z večinsko nemškim prebivalstvom: Fikšinci, Kramarovci, Ocinje in Rottenberg, kot del razdeljene Serdice. Podobno kot potok Ledava je razmejitveno vlogo imel tudi levi pritok Mure – potok Kučnica, ki je kot eden od mejnih vodotokov vse od srednjega veka dalje veljal za naravno razmejitveno črto med Nemškim cesarstvom in Ogrsko. Le da v času okupacije ni razmejeval Kraljevine Jugoslavije in Avstrije, pač pa Nemčijo in Madžarsko. Tromeja je postala dvomeja.

Upravno se je vzpostavilo stanje, kot je bilo pred koncem 1. svetovne vojne. Prekmurje je bilo razdeljeno na lendavski in soboški okraj, kar je madžarski parlament potrdil z zakonom, sprejetim 16. decembra 1941, s katerim je po dobrih dveh desetletjih južne pokrajine ponovno priključil k Madžarski. Po nemški zasedbi Madžarske marca 1944 so na osnovi antisemitskih zakonov sledile deportacije prekmurskih Judov v koncentracijska taborišča. Večina jih je bila usmrčena aprila in maja 1944 v Auschwitzu. Tudi slovenskim uradnikom, učiteljem in primorskim kolonistom, ki so zaradi grozot soške fronte in nato fašizma svoje novo domovanje v obdobju Jugoslavije našli v Prekmurju, ob takratni državni meji med Jugoslavijo in Madžarsko (obmejni kraji Benice, Petišovci, Pince, Kamovci in Dolga vas), madžarski okupator ni prizanesel. Primorski naseljenci so bili prisilno izseljeni in kot t. i. neavtohtoni Prekmurci junija 1942 internirani v madžarsko taborišče Sárvár. Slovenci v Prekmurju so se morali spet navaditi na jezikovna preimenovanja v madžarščino, na madžarski izobraževalni sistem ter vsesplošni nadzor represivnih organov. Oborožen partizanski odpor je bil ob začetku okupacije zatrt, ves čas pa je obstajal tihi odpor izobražencev, ki so jih obsodili na več procesih. Prekmurje je bilo osvobojeno v štirih dneh, od 30. marca do 4. aprila 1945, osvobodili pa so ga vojaki Rdeče armade in partizani Prekmurske čete.