Nemci so si z zasedbo Idrije obetali predvsem izkoriščanje živega srebra, ki ga je nemška vojna industrija nujno potrebovala. Mesto je služilo tudi kot okupatorjevo oporišče za številne pohode proti Gorenjski ter osvobojenim ozemljem na Cerkljanskem in v Trnovskem gozdu, kjer so zavetje našle partizanske vojaške enote, bolnišnice in tiskarne. Nemške enote so se v Idriji nastanile pri civilnem prebivalstvu, italijanskih vojaških objektov pa niso uporabljale. Kmalu po prihodu so Nemci Idrijo v celoti obdali z bodečo žico in nekatere predele zaminirali. Območje so utrdili s približno petnajstimi vkopanimi bunkerji, iz katerih je okoli dvesto stražarjev stalno nadzorovalo vse cestne povezave. Žičnati obroč so lahko prebivalci zapustili s posebno prepustnico, ki jo je izdala nemška komanda mesta. Dnevno je moralo prek prehodov v mesto vstopati tudi okrog sto rudarjev, ki so živeli zunaj žičnega obroča.
Kljub nemški vojaški zasedbi in vzpostavitvi t. i. Operativne cone Jadransko primorje je bilo idrijsko območje uradno še vedno podrejeno italijanski prefekturi v Gorici. Tudi idrijski rudnik je ostal v lasti italijanske družbe Monte Amiata, čeprav so pridobivanje živega srebra nadzirali Nemci. Z željo po pomiritvi prebivalstva je nemški okupator dovoljeval slovensko občinsko upravo. V mestu so septembra leta 1944 ustanovili domobransko posadko, ki je Nemcem pomagala pri policijskem delu in s prosvetno pisarno poskušala ponovno obuditi slovensko šolstvo. Izdajali so tudi svoj časopis, im. Idrijčan.
Med februarjem in aprilom 1945 je bilo mesto deležno desetih zračnih napadov britanskih zračnih sil. Od vojne opustošeno Idrijo so enote 2. bataljona 10. SS policijskega polka in domobranske posadke 28. aprila 1945 nenadoma zapustile. Naslednji dan je mesto zasedla partizanska vojska.